Lors de la construction de l’église du Bon Pasteur en 1874, rue Neyret, a été découvert un niveau de tuiles romaines posées à plat recouvrant un amas d’ossements animaux de plusieurs mètres cubes. Cet ensemble, dont on ne connaît pas sa fonction était entouré de murs sur deux côtés au moins.
A l’extrémité ouest de la rue du Jardin des Plantes (au niveau du n°1 actuel), juste au sud de l’amphithéâtre, a été fouillé un remblai contenant du mobilier antique, au moment de la construction de l’Orangerie du Jardin des Plantes. Un peu plus à l’est dans la rue, à hauteur du n° 9, ont été trouvés en 1859 trente-six fragments de placage en marbre qui recouvraient un canal médiéval décorés de guirlandes de feuilles de chêne. Ils sont rattachées à la décoration de l’autel des Trois Gaules, situé traditionnellement sur les pentes de la Croix-Rousse. L’année précédente avait déjà été découvert un fragment de balustrade en marbre. Toujours dans la même rue, mais sans localisation précise, a été trouvé en 1861 un bas-relief antique représentant les trois déesses-mères.
Lors du percement de la rue Burdeau – qui se nommait alors rue du Commerce - en 1831-1832 ont été observés une galerie voûtée associée à un réservoir (localisé de façon incertaine au n° 39) et de gros murs antiques, entre les 31 et 41 actuels. En outre au n° 31 est mentionnée en 1840 la présence d’un four et d’un sol.
Les deux angles que forme cette rue avec la rue Pouteau sont marqués par des découvertes d’importance. Tout d’abord au n° 23 entre 1831 et 1832 a été trouvée une mosaïque à proximité d’un mur enduit. De l’autre côté, au niveau du n°19 (la localisation, faite à partir des données de l’époque reste incertaine) ont été trouvées en 1528 les deux parties d’une table de bronze inscrite, dite « Tables claudiennes ». Cette table reproduit le discours que l’empereur Claude a prononcé devant le Sénat afin d’obtenir pour les citoyens de la Gaule chevelue le droit d’accès au Sénat de Rome et aux fonctions de la carrière sénatoriale.
Entre les rues Burdeau et René Leynaud, la contruction du chœur de l’église Saint-Polycarpe a permis d’observer une maçonnerie large de 3.90 m, identifiée alors à une fortification du Moyen âge ; sous ce mur monumental une autre maçonnerie d’axe est-ouest, pourrait être antique. Une portion de cette fortification aurait été vue aussi dans la dernière maison de la rue des Capucins. Dans la rue sont signalées sans localisation précises des tombes trouvées à 3 m de profondeur ; leur datation reste indéterminée.
En 1777 dans le clos des Bernardines entre la Montée Saint-Sébastien et la rue Imbert Colomès, une jambe de cheval en bronze (86 cm). De nombreux murs antiques et des monnaies sont signalés dans le secteur de cette rue en 1840.